凍干機對微生物試劑的凍干過程中，把產品和板層(擱板)的溫度、冷凝器(冷阱)溫度和真空度對應時間作出曲線，簡稱為凍干曲線，一般以溫度為縱坐標，時間為橫坐標。在凍干過程中，冷阱溫度一般處于制冷機所能達到的低值，不可調節。凍干不同的產品采用不同的凍干曲線，同一產品使用不同凍干曲線時產品的質量也不相同，板層溫度和產品溫度之差的變化也可能是產品質量變化的原因之一。因為凍干曲線與凍干機的性能有關，不同凍干機應用不同的凍干曲線。
凍干機在微生物檢測試劑凍干過程中，凍干效果的好壞在很大程度上取決于干燥前的預凍階段。預凍的目的是為了將微生物檢測試劑溶液中的游離態的水凍結成冰，固定產品，以便產品在高真空條件下干燥，并使成品具有與干燥前相同的形狀。
預凍過程應注意的影響因素有配方、凍結速率、凍結方式、凍結時間以及退火等。預凍并不是簡單的凍牢、凍結實的操作，預凍至關重要，很多的產品成型問題、質量問題都是預凍條件控制不當造成的。預凍方式有速凍與慢凍，預凍速度過快和過慢都會一定的影響，如對乳桿菌進行凍干，采用速凍(6000/min)與慢凍(1/min)兩種方式，結果速凍細菌的存活率明顯低于慢凍。如酵母菌合適的冷凍速度為3/min-10/min，乳酸菌的合適冷凍速度為3/min-5/min。菌種比較常見的冷凍速度為11/min-10/min。
采用擱板預冷的方式凍結血小板，凍干速率為10/min，對血小板冷凍干燥保存恢復率高。對小劑量液體試劑的微生物檢測試劑多采用慢凍的方式。預凍的溫度、時間與產品的質量密不可分。預凍溫度過高產品沒有完成凍結，抽真空時會引起起泡、收縮、濃縮、噴瓶等不可逆轉反應的發生，不僅影響產品外觀，嚴重時導致凍干失敗；溫度過低則造成電源浪費，而且還會影響產品成型。
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